Attigua al Santuario è l’ex “Casa del pellegrino e convento dei francescani” con elementi architettonici del ‘500 e, all’interno, una scala del 1601.
Ora adibita a Museo del Santuario custodisce opere legate al culto della Madonna di Custonaci, tra cui una tempera su legno del 1541, della bottega di Antonello Crescenzio e una edicola lignea con Madonna in trono con Bambino, di intagliatore siciliano del XVI secolo, entrambe raffiguranti la “Madonna di Custonaci”.
Tra opere di scultura e dipinti merita attenzione l’elegante e robusta cassa in legno decorato che veniva utilizzata per i “trasporti” per e da Erice, del prezioso dipinto della Madonna di Custonaci; disegnata dal sacerdote Carlo Peraino, la cassa fu eseguita dall’ebanista Giuseppe Loretta (1831).